La République du Burundi est un pays enclavé de la région des Grands Lacs africains en Afrique de l'Est, bordé par le Rwanda au nord, la Tanzanie à l'est et au sud et la République démocratique du Congo à l'ouest. Le Burundi fait partie du Rift Albertin, le prolongement occidental du Rift Est Africain. Le pays est situé sur un plateau vallonné au centre de l'Afrique.

La République démocratique du Congo (RDC) est située au centre de l'Afrique subsaharienne, bordée au nord-ouest par la République du Congo, au nord par la République centrafricaine, au nord-est par le Soudan du Sud, à l'est par l'Ouganda , le Rwanda et le Burundi, et par la Tanzanie (de l'autre côté du lac Tanganyika), au sud et au sud-est par la Zambie, au sud-ouest par l'Angola et à l'ouest par l'océan Atlantique Sud et l'enclave de la province de Cabinda en Angola. Le pays se situe entre les latitudes 6°N et 14°S et les longitudes 12°E et 32°E.

La Tanzanie accueille le siège de l'EAC. C'est également le siège temporaire de l'Assemblée législative de l'Afrique de l'Est (EALA) - l'organe législatif de la Communauté, et de la Cour de justice de l'Afrique de l'Est (EACJ) - l'organe judiciaire de la Communauté. Le pays abrite également la Commission kiswahili d'Afrique de l'Est (EAKC). Le pays comprend les points les plus hauts et les plus bas d'Afrique - le sommet du mont Kilimandjaro (5 895 mètres au-dessus du niveau de la mer) et le fond du lac Tanganyika (358 mètres au-dessous du niveau de la mer).

L'Ouganda abrite 3 institutions de la Communauté : la Banque de développement de l'Afrique de l'Est (EADB) chargée de promouvoir le développement socio-économique durable en Afrique de l'Est en fournissant des services de financement, d'appui et de conseil au développement ; l'Agence de surveillance de la sûreté et de la sécurité de l'aviation civile (CASSOA), qui vise à rendre les services de transport aérien sûrs, efficaces et rentables grâce à l'adoption de politiques communes pour le développement du transport aérien civil dans la région ; et le Conseil interuniversitaire pour l'Afrique

La République du Soudan du Sud est également considérée comme la plus jeune nation d'Afrique après avoir obtenu son indépendance le 9 juillet 2011.

Le Soudan du Sud est devenu membre à part entière de la Communauté de l'Afrique de l'Est le 5 septembre 2016.

Le Kenya abrite la Commission du bassin du lac Victoria (LVBC) et l'Organisation des pêches du lac Victoria (LVFO), deux institutions de l'EAC chargées de coordonner le développement durable dans le bassin du lac Victoria et ses environs.

La République du Rwanda est un pays enclavé avec des frontières terrestres avec quatre pays : l'Ouganda, la République-Unie de Tanzanie, le Burundi et la République démocratique du Congo (dans le sens des aiguilles d'une montre à partir du nord). L'eau couvre 1 390 km2 du pays ; les plus grands lacs comprennent Bulera, Ihema, Kivu (à cheval sur la frontière avec la République démocratique du Congo), Mugesera et Muhazi, et il existe de nombreuses rivières.